石菖蒲味辛性温，芳香清爽。辛能开泄，温胜寒湿，芳香开窍。且入心经，则能除痰浊、开心窍、宁神志，故凡痰湿蒙蔽清窍致致的神志昏乱，癫痫呆痴等症，每多常用，乃豁痰开窍、宁心安神佳品。《本草从新》谓其“辛苦丽温，芳香而散，开心孔，利九窍”，故《梅氏验方新编》即以本品配生姜，共捣法灌服，专治痰迷心窍。
石菖蒲芳香利窍、疏散开达，《名医别录》谓其有“聪耳明目、益心智”之功，故善治迷惑健忘、耳鸣失聪等症。如(《证治准绳》不忘散)，即以菖蒲配远志等、专治迷惑善忘；《千金方》开心散，亦以本品配他药，主治健忘。
石菖蒲辛苦气香，入胃经则能宣化湿浊、开胃消食，乃化湿和胃良药。《本草备要》谓其“去湿逐风，脘痞不饥者，症见：胃脘胀满闷痛、饮食无味、食欲不振、形瘦体倦、苔腻脉细等，用之多效。皆取其苦燥除湿、辛香宣散、利窍开胃、消积宽中之功也。
石菖蒲芳香辛温，温可胜寒，辛香散湿；更走中焦、则可开发脾胃之气雨除风寒湿痹。正如《本草求真》谓：“《本经》首言治风寒湿痹，是取其辛温开发脾气之力。”本品既“主的肢湿痹，不得屈伸”(《名医别录》)，亦治邪风冷痹、身体俱痛，如(《圣济总录》菖蒲散)，以本品配乌头等，治冷痹身痛。
石菖蒲辛苦而温，辛温能化湿；苦燥可杀虫，故本品外用涂敷，有去湿疗疮、杀虫止痒之功。《药性论》亦载，本晶“杀诸虫，治恶疮疥瘙。”对皮肤湿疮、疥癣等疾，皆可应用。如《济急仙方》以菖蒲配蛇床子组方、为末涂搽，主治：阴汗湿痒。
