用于湿浊蒙蔽清窍之神志昏乱及健忘、耳鸣、耳聋。本品芳香开窍、宁心安神，兼有化湿、豁痰、辟秽之功。本品单用或配伍平肝、安神药同用，又可治癫狂、痴呆等证。
本品所含其β-细辛醚有抗惊厥作用。
其水煎醇沉液具有增智、促进记忆获得、改善记忆障碍的作用。
本品煎剂体外实验有抗癌作用。
高浓度浸出液对常见致病性皮肤真菌有抑制作用。
菖蒲能刺激胃液分泌，并对制止胃肠的异常发酵有一定帮助，常配厚朴、陈皮等同用。此外，治疗噤口痢，用菖蒲解胸膈之热闭，开胸进食，也取其健胃理气作用，配参苓白术散。
取其有利尿作用，在治石淋或热淋的方剂中，可用作辅助。
试治角膜溃疡，配枸杞子、菊花、琥珀等，有名目作用。
