木瓜适宜于一般人食用，尤其是营养缺乏、消化不良、肥胖和产生缺乳的人更宜常食。每次1/4个左右。值得注意的是，治病多采用宣木瓜，也就是北方木瓜，不宜鲜食;食用木瓜多是产于南方的番木瓜，可以生吃，也可作为蔬菜和肉类一起炖煮。
由于木瓜中的番木瓜碱对人体有小毒，故每次食量不宜过多，过敏体质者应慎食。怀孕时也不能吃木瓜，因为木瓜可引起子宫收缩，导致腹痛，甚至流产。此外，胃酸过多者不宜用。
临床上常遇到头痛患者，迁延不愈，经头颅CT、磁共振、脑电图、脑血流图等检查，未见异常。中医学认为，久病入络，多虚、多瘀、多郁，《类证治裁·疼痛》载“若六淫外侵，精华内痹，郁与空窍，清阳不运，其痛乃作”。《本草纲目》中记载“木瓜性温味酸，平肝和胃”。木瓜，又名石瓜、万寿果，蓬生果、乳瓜，它性温味酸，入肝、脾经，起疏肝解郁，通经活络，散瘀解痉等功效，是治疗头痛之良药。据药理学载，木瓜含有番木瓜碱，对人体有小毒，故在处方中加甘草、大枣，一是缓冲其毒性，二是调和药味，制其味酸，令口感好些。
番木瓜的药用价值：
番木瓜药、食俱佳，称得上是水果中的上品。冬令以冰糖炖番木瓜，更是传统的清润滋补食品。番木瓜中含有番木瓜碱，有麻醉中枢神经和抗阿米巴痢疾、抗肿瘤、抗菌、抗寄生虫病等作用。未成熟的番木瓜果实中的乳液，含有生物蛋白酶和脂肪酶，其中蛋白酶可分解蛋白质的氨基酸，能溶解肠道寄生虫的外皮，达到驱虫的作用;脂肪酶能分解脂肪，帮助消化脂肪，有利于对食物的消化和吸收。国外临床证明，对一名慢性肠胃病患者，在其他药物无效的情况下，用番木瓜酶作为内服药进行治疗，有明显的效果。
番木瓜的乳制品还有强心和医治湿疹等作用。经实验证明，将番木瓜的蛋白酶注入癌瘤组织，可使癌瘤组织缩小，所以番木瓜蛋白酶在合成抗生素的抗癌药物方面，已经成为大有前途的新药。
此外，将木瓜叶捣烂敷于患处，对溃疡痈肿有一定的治疗作用。
