水晶和玛瑙是两种不同的宝石，二者有许多区别。水晶是一种透明或半透明的矿物晶体，主要成分为二氧化硅，颜色多样，通常呈现光泽、透亮。而玛瑙是一种微晶质的石英矿物，在阳光或人造光线下呈现珠光色彩。
1、性质不同
虽然玛瑙和水晶的主要成分都是二氧化硅组成的，但它们的性质是不同的，通常情况下水晶是单晶体，而玛瑙是多晶结合体，在电子显微镜下看到的玛瑙则是无数个微小的二氧化硅的晶体组成。
2、透明度不同
玛瑙和水晶都属于珍贵且稀有的晶体矿石，但两者的透明度大有区别，通常水晶是以透明度高而出名，所以看起来比较通透，而玛瑙大多数以半透明或者不透明居多，这也是它们最大的区别之一。
3、内含物不同
玛瑙是天然形成的晶体矿物，在内部多多少少会存有一些絮状物，尤其是顶级的玛瑙中内部有少许晶莹透亮的内含物，而大多数水晶内部中没什么瑕疵和杂质，且净度高，故以此得名。
送市场上商店里来看，水晶的价格要高于普通玛瑙的价格，所以很多朋友认为水晶更贵，更值钱，通常情况是这样的，但是玛瑙中有不同的级别，比如玛瑙中的精品：南红玛瑙。目前市场上南红玛瑙的价格让普通水晶拍马难追，只有水晶中的极品，比如紫水晶、以及罕见的红兔毛水晶的价格能和南红玛瑙相比。
水晶的功效与作用根据水晶的种类不同而不同。水晶可以凝聚天地灵气，产生不同的磁场与功能。比如白水晶可以增加人体能量，增强视力，改善风水。 紫水晶可以安神，改善头痛，可以增强记忆。黄水晶也可以有助于记忆，提高逻辑思维能力。
有色水晶都不能晒太阳,如:黄水晶、紫水晶、紫黄晶、蓝水晶等等,只有白水晶可以晒太阳,但并不是说一点太阳都不可以晒到,只是不可以长久晒太阳。
